原料经预处理后，直接进入冻结系统。根据超低温速冻机用途和冻结设备，可以采用包装前冻结或包装后冻结。冻结系统有非连续式(批量式)、半连续式和连续流水线式。
商业上所采用的冻结设备有：
①吹风式冻结器，主要采用流体化冻结器（盘式或带式）和固定式吹风冻结器；
②金属表面接触式冻结器，主要采用水果超低温速冻机；
③液体蒸发式冻结器，主要采用卧式液氮冻结器。冻结系统的选择应从产品质量与经济性考虑。超低温速冻机冻结系统对制品质量的影响有冻结速度和干耗量。
采用包装前冻结方法，大多选用流化床实现水果的单体速冻,所得产品是松散的。在-26～-30℃气温下,制品放置厚度为30～40mm时，对蓝莓、木莓、草莓、樱桃的冻结时间只需4～15min。液氮冻结法的冻结速度快，冰的结晶小,特别适用于组织软嫩的浆果。生产时,水果被输送带传入速冻隧道，经液氮喷淋，立即冻结。例如草莓从20℃降到-18℃的冻结时间只需2min,草莓的组织状态变化很小,经90min的解冻后，汁液损失量比吹风的单体速冻产品要低50 %，但成本较高。
包装后冻结的方法适用于：
①散装冻结加糖的水果；
②冻结像木莓类的软质水果和草莓类过熟的水果；
③加糖浆或加糖冻结的零售包装。冻结系统多采用卧式铝平板冻结器（若用强制循环，平板表面温度为-4℃，包装厚度25mm时,冻结时间约为30min）和固定式吹风冻结器（空气温度通常为-38～-40℃，风速4～7m/s）。
